8388 - 9112 BIOINFORMÁTICA

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• Práticas
• Contacto
• Bibliografia

Sumário

A disciplina visa apresentar aos alunos diferentes algoritmos e técnicas computacionais utilizadas na Bioinformática moderna e respectiva aplicação à resolução de problemas em biologia e medicina, com ênfase nas aplicações da biologia molecular.

Objectivos

No fim desta disciplina os alunos deverão ser capazes de:
- Conhecer as bases de dados biológicos mais importantes e saber extrair informação destas bases de dados.
- Compreender as motivações, os pressupostos e limitações das diversas técnicas computacionais que são aplicadas para resolver um problema particular em biologia.
- Explorar as implementações existentes dos algoritmos mais comuns para os diversos problemas computacionais e saber parametrizar os mesmos de forma adequada.
- Identificar direções para investigação em Bioinformática.

Programa resumido

Fundamentos de Biologia Molecular. Bases de dados de informação biológica. Alinhamento de sequências biológicas. Métodos heurísticos para pesquisa a bases de dados. Microarrays e análise de dados de expressão genética. Alinhamento estrutural de proteínas. Previsão da estrutura e função de proteínas. Aplicações e investigação na Bioinformática.

Avaliação

Avaliação periódica

Duas componentes:

Teórica (3 mini-testes)
12 valores
T1 28 de Março (4val.); T2 2 de Maio (4val.); T3 30 de Maio (4val.)

Prática
6 valores, cada relatório é cotado com 6/(#relatórios) valores
2 apresentações orais individuais (0.5 + 1.5)
Eis o enunciado da última apresentação

Presença obrigatória em 80% das aulas práticas

Contacto

Prof. Paulo Fazendeiro
Office: Room 4.12
Email: pandre (at) di.ubi.pt
URL: http://www.di.ubi.pt/~pandre
Office hours: Wednesday, 11h-13h or by email appointment

Bibliografia

A - An Introduction to Bioinformatics Algorithms, N. C. Jones and P. Pevzner, MIT Press, 2004.
A - Essential Bioinformatics, Jin Xiong Cambridge, University Press, 2006.
A - Introduction to Bioinformatics, 2nd edition, Arthur M. Lesk, Oxford University Press, 2002.
B - Biological Sequence Analysis - Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids, Richard Durbin, Sean R. Eddy, Anders Krogh and Graeme Mitchison, Cambridge University Press, 2004.
B - Analyzing Microarray Gene Expression Data, Geoffrey J. Maclachlan, Kim Anh-Do and Christophe Ambroise, Wiley, 2004.
B - Digital Code of Life, Glyn Moody, Wiley, 2004.
B - Bioinformatics for Dummies, 2nd edition, Jean-Michel Claverie, Cedric Notredame, Wiley, 2006